Con la entrada del Ejército Trigarante a la Ciudad de México el 27 de septiembre de 1821 se consumó la Independencia y se organizó la administración pública de la nueva Nación Mexicana, para tal efecto se conformó una Regencia que funcionó como Órgano Rector de Gobierno; El 4 de octubre de 1821 se crearon cuatro Secretarías de Estado: Negocios y Relaciones Interiores y Exteriores; Justicia y Negocios Eclesiásticos; Hacienda; y la de Guerra con encargo de la de Marina. 

El 8 de noviembre de 1821 la Regencia promulgó el reglamento de las funciones de las Secretarías de Estado; a la Secretaría de Guerra y Marina se le asignaron los asuntos de guerra, mar y tierra del territorio nacional. 

El personal que integró la Secretaría de Guerra y Marina asumió este cargo el 11 de diciembre de 1821 con la estructura orgánica siguiente: secretario de Guerra y Marina, dos Oficiales Primeros, secciones de Infantería, Caballería, Marina, Artillería, Fortificaciones e Ingenieros, Capitanías y Comandancias Generales, Presidios y Puntos Militares, Retiros, Hospitales, Montepíos, Pensiones y Premios. Con la caída del Primer Imperio y la transición a República, el 16 de abril de 1823 la Secretaría de Guerra y Marina permaneció como institución de Defensa Nacional. 

De 1821 a 1857, referida institución afrontó conflictos que amenazaron la independencia nacional, como el movimiento de expulsión de tropas españolas que se encontraban en la fortaleza de San Juan de Ulúa en Veracruz de 1824 a 1825. Entre 1850 y 1867, el país enfrentó la Guerra de Reforma y la Intervención Francesa, etapa en que la Secretaría de Guerra y Marina por medio del Ejército Nacional garantizó la independencia y soberanía nacional. 

Durante el gobierno de Porfirio Díaz, la Secretaría de Guerra y Marina implementó un proceso de modernización y profesionalización de las fuerzas militares denominando al Ejército como Federal, para mostrar un Estado fuerte que enfrentara las necesidades que exigía la época. 

Como resultado de la Revolución Mexicana, el 13 de agosto de 1914 se firmaron los tratados de Teoloyucan en donde se acordó disolver al Ejército Federal, quedando activo como única fuerza el Ejército Constitucionalista; y los esfuerzos se centraron en la consolidación de las instituciones del país, entre ellas las Fuerzas de Tierra, Mar y Aire, dependientes de la Secretaría de Guerra y Marina. Para 1920, se generó una conciliación entre el Ejército Constitucionalista y las facciones revolucionarias, lo que permitió iniciar la profesionalización y modernización de la Secretaría de Guerra y Marina. 

Desde 1937 a la fecha, la Secretaría de la Defensa Nacional, se ha modernizado y ajustado en sus procedimientos de organización y quehacer institucional en sintonía a las exigencias de los tiempos y al contexto nacional e internacional, siempre con un carácter institucional en beneficio del pueblo de México. 

A 203 años de su nacimiento, la Secretaría de la Defensa Nacional, mantiene la misma mística de servicio y lealtad a las instituciones y a la patria para garantizar la independencia, integridad y soberanía de la nación, la seguridad interior y el desarrollo de México a través del apoyo a los programas sociales, siempre con la premisa de servir a México.